抗病毒治疗是慢乙肝治疗的关键措施，目前抗病毒治疗有两大类药物一类是干扰素，一类是核苷类药物。病毒彻底清除且永不复发是医生和患者的共同心愿，但是当前的治疗手段还远远不能实现这一目标。因此在抗病毒治疗前了解治疗的预期有利于更好地理解和依从治疗方案。
综合国外权威指南的建议与临床实践的经验，可以把乙肝抗病毒治疗的疗效过程粗略地分为以下三个层次：
第一个层次：肝功能恢复正常，病毒定量阴转，这是进行抗病毒的基本目标。病毒定量阴转，肝功恢复正常提示病毒复制明显减弱或者停止，肝脏的炎症活动减轻或者消失，疾病进展延缓。干扰素治疗与核苷类治疗都能实现这一基本目标，且后者在这方面具有优势。值得注意的是达到这一目标并不意味着马上停止治疗，如果很快停药，病毒复制容易反弹，因此仍应继续治疗，争取实现第二个层次的目标。
第二个层次：在肝功持续正常，HBV DNA持续阴性的基础上e抗原血清学转换，且停药后应答持久。e抗原阳性的慢乙肝在实现第一个目标之后继续治疗，有部分患者可以实现e抗原血清学转换，即e抗原阴转、e抗体出现，这体现着机体免疫系统和乙肝病毒之间的力量消长发生重大转机，实现了免疫控制，因此在停药后能持久应答。相对核苷类治疗，干扰素治疗实现e抗原血清学转换的几率较高。核苷类长期治疗e抗原转换率不到30%，干扰素治疗最多可在超过60%的患者中实现e抗原血清学转换。同时，核苷类治疗实现e抗原血清学转换后仍有较高的复发率，而干扰素治疗停药后应答持久。
第三个层次：在第二个层次的基础上实现表面抗原清除。表面抗原清除是临床上接近痊愈的状态。实现这一目标的患者不多，不过随着抗病毒治疗策略的改善，例如干扰素延长治疗、联合核苷类治疗，实现表面抗原清除的患者已有所增加。
随着抗病毒治疗的普及，越来越多的慢乙肝患者期望获得更好的疗效，遵循医嘱，依从治疗，将会离更好的治疗效果更进一步。
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