潜伏期（incubation period）是指病原体侵入机体到最初出现症状和体征之间的这段时期。各种疾病的潜伏期长短不一，短者数小时，长者可达数月或数年。
如禽类禽流感的潜伏期从几小时到数天，最长可达21天。人类患上禽流感后，潜伏期一般为7天以内。非典型性肺炎的潜伏期一般在4-10天，临床报告最短病例为1天，最长有20天，甚至有极个别病例达到28天。
一般认为潜伏期长短与感染病毒的种类或者型别、病毒的致病性、病毒的数量、感染途径、被感染机体的免疫力以及其他非生理因素等有关。比如艾滋病病毒，经输血感染的剂量一般较大，所以潜伏期相对较短，而性接触感染艾滋病病毒的剂量较小，因此潜伏期相对较长。
HBV感染后的潜伏期一般为20天至6个月，也有报道28－160天，平均70－80天；HCV感染后临床表现一般较轻，常为亚临床型，但输血后感染的潜伏期一般为20天到6个月，也有资料报道2－26周，平均8周；HIV感染后1到2个月内可能出现急性的症状和体征，随后进入较长期的无症状期，持续6－15年，平均8－10年，大量输血的可缩短至1－5年。梅毒的潜伏期一般为2－4周。
窗口期（window period）指的是病毒感染后病毒出现在血液中直到可以检出足够多的相应病毒标志物（抗原或抗体）前的时期。在这段时间内，血清中无相应的抗原抗体标志物。各种病毒的窗口期是不一样的，一般所称的窗口期指的是检测到病毒抗体的时间，但抗原以及核酸检测同样存在窗口期，但时间大大缩短。在窗口期虽测不到艾滋病病毒抗体，但体内已有艾滋病病毒，可以通过HIV核酸检测查到，因此处于窗口期的感染者同样具有传染性。
HBV、HCV、HIV的窗口期的时间分别为56、70和22天，P24抗原的窗口期平均为15天，
而应用核酸技术，可分别将HBV、HCV、HIV的窗口期缩短为41、12、11天。
不同的感染途径会不会影响窗口期的长短？艾滋病前期或感染并无特定病症，现时使用的抗体测试是测验身体中有否艾滋病毒抗体存在。不同途径的感染可能感染不同的亚型(subtype)，但都可在窗口期后的抗体测试中检定出来。同时，进入体内的HIV数量多寡也不会影响窗口期的长短。也就是说，不论是输血感染、性交感染、哺乳感染或其它形式的感染，也不论感染的HIV多少，一般都会在窗口期后出现抗体阳性反应。除极少特例外，不存在有的特定感染窗口期长而有的短的现象。
不同的机体免疫状况会影响窗口期的长短，免疫力低下的患者会有较长的抗体产生时间，产生的抗体滴度低，甚至不产生抗体。
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